Em 1990 presidida por Geraldo Sampaio Neto (Borjão) com o enredo "Segredo do Amor" alcançou o 4° lugar, que é sua melhor colocação no grupo especial e a escola consegue a atual quadra no bairro da Água Funda, inaugurada dia 05 de Janeiro. Daí em diante, muitas perdas: a saída de Eumar e Batucada e as mortes de Pé Rachado, Osmar César de Carvalho, Mestre Fubá, Beth e Mario Millonga da harmonia abalaram muito a escola no decorrer dos anos 90. Em 1994 a Barroca Zona Sul mesmo com dificuldades desfilou muito bem, porém acabou sendo rebaixada para o Grupo 1.  De 95 a 96 foi presidida por José Augusto Faustino (Baio), com carnavais e mudanças que não levaram a escola para o grupo especial novamente. Em 1997 voltou ser presidida pôr Borjão que depois oito carnavais de luta; em 1998 com o enredo “Ibirapuera, a Felicidade se Disfarçou de Parque” , 1999 com “Viagens Extraordinárias” e 2000 “Saga de Reis” ano de seu jubileu inclusive onde teve na bateria participação do baluarte Mestre Lagrila a escola perde para si própria cometendo erros primários que adiaram a festa do acesso ao grupo especial.